Căn cứ tiến độ thực hiện kế hoạch khoa học và công nghệ hàng năm hoặc theo tính cấp thiết; Bộ Khoa học và Công nghệ, các bộ, cơ quan ngang bộ, ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và các cơ quan nhà nước khác ở trung ương (bộ, ngành, địa phương) thông báo định hướng phát triển khoa học và công nghệ ưu tiên của quốc gia, của bộ, ngành, địa phương mình và thời hạn gửi đề xuất đặt hàng. Trên cơ sở thông báo này, các tổ chức, cá nhân gửi phiếu đề xuất đặt hàng nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia về các bộ, ngành, địa phương.

Bộ, ngành, địa phương lựa chọn các đề xuất đặt hàng đáp ứng các yêu cầu đặt hàng. Đối với các đề xuất đặt hàng không thuộc phạm vi, lĩnh vực quản lý của mình thì gửi bộ, ngành, địa phương được giao quản lý để xem xét đặt hàng thực hiện và thông báo cho các cơ quan, tổ chức, cá nhân đã gửi đề xuất.

Bộ, ngành, địa phương tổ chức hội đồng tư vấn xác định nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia để xác định các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặt hàng cấp quốc gia.

Bộ, ngành, địa phương phê duyệt danh mục các nhiệm vụ khoa học và công nghệ đặt hàng cấp quốc gia và công bố công khai để các tổ chức, cá nhân có năng lực tham gia tuyển chọn hoặc xét giao trực tiếp, đồng thời chuyển Bộ Khoa học và Công nghệ để tổng hợp, quản lý.