+ Trường hợp đăng ký trực tiếp:
Bước 1: Nộp hồ sơ

- Liên hiệp hợp tác xã có nhu cầu đổi giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã nhưng không thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh và đăng ký thuế, liên hiệp hợp tác xã nộp giấy đề nghị kèm theo bản chính Giấy chứng nhận đăng ký hợp tác xã hoặc bản chính Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh được cấp trước đây và bản chính Giấy chứng nhận đăng ký thuế tại Phòng Đăng ký kinh doanh thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư để được cấp Giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã.

- Liên hiệp hợp tác xã lựa chọn ngành kinh tế cấp bốn trong Hệ thống ngành kinh tế Việt Nam để ghi ngành, nghề kinh doanh trong Giấy đề nghị cấp đổi Giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã.
Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ

- Phòng Đăng ký kinh doanh hướng dẫn và ghi nhận ngành, nghề kinh doanh của hợp tác xã vào Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký hợp tác xã.

- Phòng Đăng ký kinh doanh giao giấy biên nhận khi nhận hồ sơ hợp lệ cho liên hiệp hợp tác xã hoặc người nộp hồ sơ.
Bước 3: Xử lý hồ sơ

- Phòng Đăng ký kinh doanh thực hiện việc cấp giấy chứng nhận đăng ký cho liên hiệp hợp tác xã.
+ Trường hợp đăng ký qua mạng điện tử sử dụng chữ ký số công cộng (trong trường hợp được ứng dụng):
Bước 1: Nộp hồ sơ

- Người có thẩm quyền hoặc người đại diện theo ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.

- Trường hợp người được cá nhân có thẩm quyền ủy quyền thực hiện thủ tục cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã thì người được ủy quyền kê khai thông tin, tải văn bản điện tử, ký số vào hồ sơ cấp đổi điện tử theo quy trình trên Hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký hợp tác xã.
Bước 2: Tiếp nhận hồ sơ

- Hồ sơ cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã qua mạng điện tử hợp lệ khi đảm bảo đầy đủ các yêu cầu sau: (1) Có đầy đủ các giấy tờ và nội dung các giấy tờ đó được kê khai đầy đủ theo quy định như hồ sơ bằng bản giấy và được chuyển sang dạng văn bản điện tử. Tên văn bản điện tử phải được đặt tương ứng với tên loại giấy tờ trong hồ sơ bằng bản giấy; (2) Các thông tin được nhập đầy đủ và chính xác theo thông tin trong các văn bản điện tử; (3) Hồ sơ đề nghị cấp đổi qua mạng điện tử phải được xác thực bằng chữ ký số công cộng của một trong các chủ thể sau đây: (3a) Cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị cấp lại theo quy định; (3b) Người được cá nhân có thẩm quyền ký văn bản đề nghị cấp đổi theo quy định ủy quyền thực hiện thủ tục liên quan đến cấp đổi giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã.

- Trường hợp được ủy quyền thì phải có giấy tờ sau: (1) bản sao hợp lệ một trong các giấy tờ chứng thực cá nhân (Thẻ căn cước công dân hoặc Chứng minh nhân dân hoặc Hộ chiếu Việt Nam còn hiệu lực đối với công dân Việt Nam; Hộ chiếu nước ngoài hoặc giấy tờ có giá trị thay thế hộ chiếu nước ngoài còn hiệu lực đối với người nước ngoài); (2) Bản sao hợp lệ hợp đồng cung cấp dịch vụ với tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc Văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật. Văn bản này không bắt buộc phải công chứng, chứng thực.

- Sau khi hoàn thành việc gửi hồ sơ đề nghị cấp đổi giấy chứng nhận, cá nhân có thẩm quyền hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền sẽ nhận được giấy biên nhận hồ sơ đề nghị cấp đổi qua mạng điện tử.
Bước 3: Xử lý hồ sơ

- Trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, Phòng Đăng ký kinh doanh gửi thông báo qua mạng điện tử cho cá nhân có thẩm quyền ký hoặc người được cá nhân có thẩm quyền ký ủy quyền để yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ.

- Phòng Đăng ký kinh doanh cấp đổi Giấy chứng nhận đăng ký liên hiệp hợp tác xã trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ hợp lệ. Liên hiệp hợp tác xã phải nộp hồ sơ bằng văn bản khi nhận giấy chứng nhận đăng ký để đối chiếu và lưu hồ sơ.