- Bước 1: Hội đồng quản trị của các liên hiệp hợp tác xã bị sáp nhập xây dựng phương án sáp nhập trình đại hội thành viên của mình quyết định và có trách nhiệm thông báo bằng văn bản cho các chủ nợ, các tổ chức và cá nhân có quan hệ kinh tế với liên hiệp hợp tác xã về quyết định sáp nhập.
- Bước 2: Hội đồng quản trị của các liên hiệp hợp tác xã bị sáp nhập hiệp thương về phương án sáp nhập, gồm các nội dung chủ yếu sau: phương án xử lý tài sản, vốn, các khoản nợ; phương án xử lý lao động và những vấn đề tồn động của các liên hiệp hợp tác xã bị sáp nhập.
- Bước 3: Liên hiệp hợp tác xã sau khi sáp nhập nộp hồ sơ đăng ký thay đổi tại phòng Đăng ký kinh doanh thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư, nơi liên hiệp hợp tác xã đặt trụ sở chính.
- Bước 4: Khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan đăng ký liên hiệp hợp tác xã:

+ Yêu cầu người đến làm thủ tục nộp bản sao hợp lệ giấy chứng minh nhân dân hoặc hộ chiếu còn hiệu lực.

+ Trường hợp được ủy quyền thì phải có giấy tờ sau: Hợp đồng cung cấp dịch vụ giữa người thành lập liên hiệp hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức làm dịch vụ nộp hồ sơ, nhận kết quả và giấy giới thiệu của tổ chức đó cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả; hoặc văn bản ủy quyền cho cá nhân thực hiện nộp hồ sơ, nhận kết quả theo quy định của pháp luật.
- Bước 5: Cơ quan đăng ký liên hiệp hợp tác xã giao giấy biên nhậnkhi nhận hồ sơ đăng ký thay đổi đảm bảo tính hợp lệ và phải thực hiện việc đăng ký thay đổi nội dung đăng ký của liên hiệp hợp tác xã, cấp giấy chứng nhận đăng ký mới cho liên hiệp hợp tác xã,
- Bước 6: Liên hiệp hợp tác xã phải nộp lại bản gốc giấy chứng nhận đăng ký cũ khi được cấp giấy đăng ký mới.