Bước 1: Chủ vật thể nộp trực tiếp 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật đối với các lô vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật (vận chuyển nội địa) tại Chi cục Bảo vệ thực vật hoặc Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật.
Bước 2: Chi cục Bảo vệ thực vật hoặc Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật có trách nhiệm tiếp nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ thì yêu cầu chủ vật thể bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.
Bước 3: Căn cứ kết quả kiểm tra hồ sơ, Chi cục Bảo vệ thực vật hoặc Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật quyết định địa điểm và bố trí công chức kiểm tra ngay lô vật thể.
Bước 4: Chi cục Bảo vệ thực vật hoặc Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch đối với lô vật thể không bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ.

Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật hoặc trường hợp không cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa thì Chi cục Bảo vệ thực vật hoặc Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật thể biết.